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조세특례제한법 시행령 등 6개 시행령 개정

2025-04-25
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기획재정부는 2025 2월 국회를 통과한 조세특례제한법 등 개정세법에서 위임한 사항을 규정하고 사망보험금 유동화로 지급받는 연금 수령액의 비과세 요건 규정 등 신규 정책 수요 반영 및 기타 집행상의 미비점을 보완하기 위해 세법 시행령* 개정안을 마련하였습니다. 시행령 개정안은 입법예고, 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 2025 5월 중 공포·시행될 예정입니다. 주요 개정사항은 다음과 같습니다.

* 국세기본법 시행령, 소득세법 시행령, 조세특례제한법 시행령, 상속세 및 증여세법시행령, 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 시행령, 제주면세점규정

.

1. 중기업 규모 출판업 지원범위 구체화(조특령 §6 )

<신 설>

¨ 수도권에서 중소기업 특별세액 감면이 적용되는 중기업 규모 출판업의 범위

¡ 일반서적 출판업

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

 

2. 연구개발세액공제 기술심의위원회의 심의사항 확대(조특령 §9)

¨ 연구개발세액공제 기술심의위원회의 심의사항

¡ 내국인의 연구개발 기술이 신성장 원천기술 또는 국가전략기술에 해당되는지 여부

¡ 신성장 사업화시설, 국가전략기술 사업화시설의 인정

<신 설>

¨ 심의사항 확대

¡ (좌 동)

¡ 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설의 인정

<개정이유> 투자세액공제가 적용되는 연구개발 시설 심의 근거 마련

<적용시기> 25.1.1. 이후 투자하는 분부터 적용

 

3. 국가전략기술 연구개발시설 및 신성장·원천기술 연구개발시설 규정

(조특령 §21④)

< 법 개정내용(조특법 §24)>

¨ 국가전략기술, 신성장·원천기술 관련 연구개발시설 투자에 대해 사업화시설 투자동일한 공제율 적용

통합투자세액공제 공제율 변화 비교

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* (당해연도 투자액 직전 3년 평균 투자액)

<신 설>

¨ 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술의 정의

¡ (국가전략기술 연구개발시설) 국가전략기술 연구·시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부· 산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설

* 국가전략기술 외 다른 기술의 연구개발에 병행하여 사용되는 시설도 국가전략기술 연구개발시설 세액공제 적용 가능

¡ (신성장 원천기술 연구개발시설) 신성장원천 기술 연구시험용 시설로서 연구개발세액공제 기술심의위원회 심의를 거쳐 기획재정부· 산업통상자원부 장관이 공동으로 인정하는 시설

* 신성장원천 기술 외 다른 기술의 연구개발에 병행하여 사용되는 시설도 신성장원천 기술 연구개발시설 세액공제 적용 가능

<개정이유> 전략산업의 연구개발 촉진

 

4. 국가전략기술 연구개발시설, 신성장·원천기술 연구개발시설세액공제에 대한 사후관리(조특령 §21⑤<16> )

<신 설>

¨ 국가전략기술, 신성장·원천기술 연구개발시설 (일반 연구개발 병행 시)에 대한 사후관리 특례

¡ (사후관리 기간) 투자완료일부터 투자완료일이 속한 과세연도의 다음 3개 사업연도 종료일까지

¡ (사후관리 기준) 사후관리 기간 동안의 누적 사용비율이 다음 기준을 충족하지 못하는 경우 전용(轉用)한 것으로 간주

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- (전용시 납부세액) 공제세액 상당액(차액*) + 이자상당액 납부

* () 국가전략기술 연구개발시설 공제세액 등 일반시설 공제세액

¡ (자료제출) 사용기간* 관련자료 작성·보관 및 제출(사후관리 마지막 과세연도 법인세 신고시) 의무

* 측정대상, 측정기간, 작성방법 등은 기획재정부령으로 규정

<개정이유> 연구개발시설 투자세액공제 합리화

 

5. 채용시 세제지원 대상 경력단절자 범위 확대(조특령 §268§27)

< 법 개정내용(조특법 §298)>

¨ 조세특례 적용대상*인 경력단절자의 요건 중 퇴직사유를 추가**하고 구체적인 사항은 시행령에 위임

* (당해연도 투자액 직전 3년 평균 투자액)

** (현행) 결혼임신출산자녀교육육아(8세 이하)

(개정) 결혼임신출산자녀교육육아가족돌봄

¨ 퇴직사유

퇴직 1년 이내 혼인

퇴직 2년 이내 임신 또는 난임시술

퇴직일 당시 임신한 상태

퇴직일 당시 8세 이하 자녀가 있는 경우

퇴직일 당시 중등교육법에 따른

학교에 재학 중인 자녀가 있는 경우

<추 가>

¨ 퇴직사유 추가

¡ (좌 동)

¡ (장애인* 자녀 육아) 퇴직일 당시 장애인 자녀가 있는 경우

* 「장애인복지법」 적용을 받는 경우

¡ (가족돌봄) 퇴직일 당시 고령・장애* 직계존속 동거봉양

* (고령) 70세 이상

(장애) 「장애인복지법」 적용을 받는 경우

<개정이유> 법률 위임사항 구체화


6. 내일채움공제 중도해지시 소득세 감면을 적용하는 부득이한 사유 규정

(조특령 §266)

< 법 개정내용(조특법 §296)>

¨ 기업의 부득이한 사유로 내일채움공제 중도해지시 만기를 채우지 못해도 근로자 수령액에 대해 소득세 감면*

* 중소기업 50%(청년 90%), 중견기업 30%(청년 50%)

¡ 부득이한 사유의 구체적인 내용을 시행령에 위임

<신 설>

¨ 내일채움공제 중도해지 시에도 소득세 감면 적용되는 부득이한 사유

¡ 사업을 폐업하거나 휴업하는 경우

¡ 법인을 해산하는 경우

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

 

7. 노란우산공제 장기가입자에 대해 퇴직소득으로 과세하는 해약환급금의 경영악화 요건 규정(조특령 §803)

< 법 개정내용(조특법 §863)>

¨ 노란우산공제 10년 이상 장기가입자가 경영악화를 사유로 공제계약을 임의해지하는 경우 해약환급금에 대해 퇴직소득으로 과세

¡ 경영악화의 구체적인 요건은 시행령에 위임

<신 설>

¨ 노란우산공제 10년 이상 가입자임의해지시에도 퇴직소득으로 과세하는 경영악화 요건

¡ 종합소득세ㆍ법인세 신고사업수입금액직전3년 평균 사업수입금액 대비 50% 이상 감소

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

 

8. 특정법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제 범위 확대 관련 세부사항 규정

(상증령 §343)

< 법 개정내용(상증법 §455)>

¨ 특정법인(지배주주등의 지분율 30% 이상)지배주주의 특수관계인과 거래 시 지배주주에게 거래를 통한 증여의제적용되는 범위자본거래 추가

¡ 증여의제가 적용되는 자본거래의 유형증여의제 이익 계산 방법 등 구체적인 사항을 시행령에 위임

<신 설>

¨ 증여의제 적용대상 자본거래 유형

(불균등 감자) 특수관계법인*의 주식 등을 주식보유비율에 의하지 않거나 고가ㆍ저가로 소각하는 감자

* 특정법인의 지배주주와 특수관계인인 법인

(불균등 증자) 특수관계법인의 일부 주주가 신주 인수를 포기하거나 고가ㆍ저가로 신주를 인수하는 증자

(현물출자) 특수관계법인의 주식등을 고가ㆍ저가로 인수하는 현물출자

(주식전환) 전환사채등을 통하여 전환가액보다 높거나 낮은 가액의 주식을 교부받는 주식전환

(초과배당) 특수관계인이 특수관계법인의 배당을 포기하는 등 주식보유 비율에 의하지 않은 배당

(합병) 특수관계법인과 그 법인의 특수관계인인 법인 간 불공정한 비율의 합병

(주식의 포괄적 교환ㆍ이전) 특수관계법인과 그 법인의 특수관계인인 법인 간 소유지분이나 가액이 변동하는 주식의 포괄적 교환ㆍ이전

¨ 증여의제 이익 계산방법

¡ 자본거래로 특정법인이 얻은 이익 × 주주의 지분율

<개정이유> 특정법인과 거래 이익 증여의제가 적용되는 자본거래 구체화

 

9. 이행강제금 관련 규정 마련

< 법 개정내용(국기법 §843 신설)>

¨ 세무조사 과정에서 세법상 자료제출 의무 불이행에 대하여 이행강제금 제도 도입

¡ 부과기준절차 등은 시행령에 위임

이행강제금 부과기준 규정(국기법 §674 및 별표 신설)

<신 설>

¨ (부과기준) 의무 불이행기간 × 1일당 부과금액

(대상기간) 세무조사 기간* 의무 불이행기간

* 자료제출 의무 불이행으로 인한 세무조사 중단기간 포함

(1일당 부과금액)

- (원칙) 직전 3개 과세기간 일 평균수입금액 x (0.001 ~0.002)*

* 일 평균수입금액별 부과비율 :

15억원 이하 : 2/1,000

15억원 초과 30억원 이하 : 2/1,500

30억원 초과 : 1/1,000

- (예외) 평균수입금액 불분명시 500만원 이하

¨ (부과절차) 금액, 사유, 납부기한 등을 서면통지

¨ (부과방법) 이행기한 도과시 30일 마다 부과

<개정이유> 법률 위임사항 구체화

 

10. 사망보험금 유동화에 따른 보험차익 비과세 요건 합리화(소득령§25)

¨ 월적립식 저축성보험의 보험차익 비과세 요건

¡ (계약기간) 10 이상

- 보장성보험 → 저축성보험 변경시 변경일부터 10년 이상

<추 가>

¨ 사망보험금의 유동화 시 기간요건 합리화

- 요건*을 갖춘 사망보험금의 유동화 변경 전 보험의 계약 체결일부터 10이상 기준 적용

* 요건

사망보험금이 9억원 이하일 것

월적립식 종신보험일 것

보험료를 납입완료하였을 것

65세 이후 연금형태로 수령할 것

계약자·피보험자·수익자가 동일인일 것

¡ (납입한도) 150만원 이하

¡ (좌 동)

<개정이유> 노후 연금수령 지원 강화

<적용시기> 25.7.1. 이후 사망보험금 유동화를 통해 연금수령으로 전환하여 지급받는 소득분부터 적용